|
|
Čipová a kapilární elektroforéza pro výzkum rakoviny
Hájková, Tereza ; Babula, Petr (oponent) ; Provazník, Ivo (vedoucí práce)
Práce se zabývá problematikou nádorového onemocnění a jeho vznikem. Karcinom prostaty je druhý nejzávažnější karcinom u mužů, je důležité zaměřit se na včasnou detekci. Tato práce pojednává o proteinech, které jsou nebo by mohly být využity jako potenciální nádorové markery. Například v současnosti běžně používaný prostatický specifický antigen, ale nově i metalothionein. Metalothionein je protein vyskytující se v rostlinné i v živočišné říši ve čtyřech základních isoformách. Existuje předpoklad, že obsah jednotlivých isoforem, případně jejich vzájemný poměr, má určitý diagnostický potenciál, který by mohl být využitelný v praxi. Z tohoto důvodu jsou vyvíjeny a studovány metody pro specifickou a citlivou analýzu jednotlivých isoforem. V této práci je pro separaci isoforem využita kapilární elektroforéza a jsou diskutovány vlivy jednotlivých parametrů (druh základního elektrolytu, jeho pH, velikost separačního napětí a tak dále) na výslednou separaci.
|
|
|
Differential Gene expression using a negative binomial model
Janáková, Tereza ; Tkacz, Ewaryst (oponent) ; Abo Khayal, Layal (vedoucí práce)
The main goal of this master thesis is to carry out the analysis of differential gene expression using a negative binomial model. The first part is devoted to theoretical basis, discusses the RNA sequencing, Next-Generation Sequencing (NGS), the benefits and applications, and FASTAQ format. The second part is the practical part, there was chosen a suitable data set of genes, that will be later analyzed, and the relevant data was downloaded. This data was aligned to the human genome version 37 by Burrows-Wheeler transform and the SAM formatted files were created using the Bowtie mapper. The SAM formatted files were sorted by SAMtools. In the following part of this work was created an annotation object of target genes using Ensembl´s BioMart service and Matlab (version R2013b). Next, digital gene expression was determined and library size factor was estimated. In the end the negative binomial distribution parameters were estimated and data was tested for a differential gene expression.
|
|
|
Cancer Immunotherapy exploiting engineered antibody fragments against prostate-specific membrane antigen
Das, Gargi ; Bařinka, Cyril (vedoucí práce) ; Vaněk, Ondřej (oponent) ; Ormsby, Tereza (oponent)
(Czech) Rakovina prostaty (PCa) představuje jednu z hlavních příčin mortality související s rakovinou v populaci mužů. Tento stav vyžaduje vývoj nových terapeutických přístupů přesahujících současnou konvenční léčbu s omezenou účinností. Prostatický specifický membránový antigen (PSMA) je jedním z nejpokročilejších biomarkerů pro zobrazování i terapii PCa díky své expresi specificky výrazně zvýšené neoplastických tkáních PCa a v metastatickém kastračně rezistentním karcinomu prostaty. Imunoterapeutické postupy zaměřené na PSMA skýtají v současné době velký potenciál jakožto nová platforma pro účinnou léčbu onemocnění. Předkládaná doktorská práce je zaměřena na inženýrství protilátkových fragmentů a fúzních proteinů odvozených z vysoce afinní monoklonální protilátky 5D3 specificky rozpoznávající PSMA. Cílem vývoje těchto molekul bylo dosažení specifického spojení imunitních buněk s biomarkerem PSMA vyvolávajícího eliminaci buněk prezentujících tento antigen. Za tímto účelem jsme zkonstruovali jednořetězcové variabilní fragmenty (scFv) protilátky 5D3, které byly následně fúzovány se sekvencemi anti-CD3 scFv a CP33, čímž jsme vytvořili fúzní proteiny specificky spojující imunitní buňky s T lymfocyty (BiTE) nebo s monocyty (5D3-CP33). Fúzní molekuly byly produkovány pomocí hmyzího expresního systému,...
|
|
|
The diagnostic and prognostic ability of selected serum and urinary markers of prostate cancer
Do Carmo Silva, Joana Isabel ; Veselý, Štěpán (vedoucí práce) ; Čapoun, Otakar (oponent) ; Fedorko, Michal (oponent)
Diagnostická a prognostická schopnost vybraných markerů karcinomu prostaty v séru a moči Abstrakt Sérový prostatický specifický antigen (PSA) je jediným široce schváleným markerem v diagnostice a sledování rakoviny prostaty (PC) po léčbě. Jeho role zůstala kontroverzní kvůli nedostatečné specifitě a riziku nadměrné diagnózy nevýznamného PC. Cílem této práce bylo prozkoumat slibné markery PC a zlepšit současnou stratifikaci pacientů k adjuvantní léčbě. Byly provedeny tři hlavní studie s použitím různých médií (moč a sérum). První studie zahrnovala hodnocení Engrailed-2 (EN2) - sledovaného močového markeru - u 90 pacientů s lokalizovaným PC, 30 zdravých kontrol a 40 pacientů indikovaných k biopsii prostaty. Druhá studie hodnotila 205 mužů s vysoce rizikovými rysy PC, kteří podstoupili radikální prostatektomii (RP) a byli podrobeni přísnému protokolu sledování ultrasenzitivního PSA (UPSA) v krátkých časových intervalech. Schopnost jednotlivých měření predikovat biochemickou recidivu (BCR) a tím nutnost adjuvantní terapie byla hodnocena pomocí plochy pod křivkou (AUC) a byl vytvořen stratifikační model. Třetí studie zahrnovala 128 pacientů, kteří podstoupili RP. PSA a jeho sérové izoformy běžně používané v diagnostickém kontextu byly hodnoceny předoperačně i pooperačně, aby se určila jejich schopnost predikovat...
|
|
|
Theragnostika - nové postupy v nukleární medicíně
PROCHÁZKOVÁ, Michaela
Tématem bakalářské práce je theragnostika - nové postupy v nukleární medicíně. Theragnostika představuje personalizovanou léčebnou strategii, která kombinuje diagnostiku s terapií a nachází uplatnění především při léčbě rakoviny. Theragnostika jako medicínský obor se stále vyvíjí. Cílem mé práce bylo zmapování praktického využití současných indikací theragnostikcých metod v nukleární medicíně. V teoretické části práce je definován pojem theragnostika a následné rozdělení theragnostických metod prostřednitctvím nanočástic či radionuklidů. Je zde popsáno využití radionuklidové theragnostiky v klinické praxi, a to zejména při léčbě štítné žlázy, neuroendokrinních nádorů a rakoviny prostaty. V této části práce se nachází i klinické studie pro theragnostcikou praxi. Dále v teoretické části práce je zmapováno praktické využití současných indikací theragnostických metod, ale i možné budoucí perspektivy theragnostické léčby. Teoretická část je zpracována z odborných publikací a článků. Praktická část práce se zaměřuje na informovanost radiologických asistentů o této nové léčebné metodě. Respodenti byli radiologičtí asistenti napříč nemocnicemi. K vyplnění výzkumných otázek k dotazníkovému šetření bylo zahrnuto 32 respondentů. Vyhodnocení z nasbíraných dat dotazníkové šetření je ve formě precentuální úspěšnosti radiologických asistentů. Celkový koncept této bakalářské práce může sloužit jako studijní materiál pro studenty vysokých škol oboru radiologický asistent.
|
|
|
MR vyšetření prostaty a statistická úspěšnost navigované biopsie prostaty
HEFLER, Jakub
Karcinom prostaty je velmi závažným a častým onemocněním jak ve světě, tak i v České republice. Incidence v roce 2018 byla 62,5 na 100 000 obyvatel napříč Českou republikou. V současné době incidence i mortalita mírně klesá. Diagnostika karcinomu prostaty se zahajuje pohmatovým vyšetřením per rectum. Dále pak odběr na PSA. Pokud je tato hodnota vysoká, je pacient odeslán na biopsii prostaty, která se provádí pod ultrazvukovou kontrolou. Přesnějšímu zacílení prostaty pomáhá obrazová fúze. To znamená, že si urolog připojí obrazy z magnetické rezonance do ultrazvukového přístroje. Neodebírá se tzv. na slepo. Při navigované biopsii prostaty je odebráno cca 10-12 vzorků, a ty jsou vyšetřeny na patologii pomocí histologického vyšetření. Patolog podle Gleasonova skóre určí na stupnici 1-5 (1 = nejlépe diferencovaný, 5 = nejhůře diferencovaný) diferenciaci a typ karcinomu prostaty. Lékaři karcinomy prostaty hodnotí také podle PI-RADS 2.1 systému, který určí riziko výskytu karcinomu prostaty. Tento sytém také využívá škálu od 1 do 5 (1 = velmi nízká pravděpodobnost, 5 = velmi vysoká pravděpodobnost). Navigovaná biopsie prostaty se provádí od hodnocení PI-RADS 4-5. Pro svou bakalářskou práci jsem použil data ke zpracování statistiky z nemocničního informačního systému Nemocnice České Budějovice z urologického oddělení. Zajímal jsem se o pacienty, kteří zde byli vyšetřování v posledních dvou letech, a to od dubna 2019 do června 2021. Za toto období bylo vyšetřeno celkově 288 mužů. Z toho byl proveden náhodný výběr 45 pacientů pro určení statistické úspěšnosti navigované biopsie prostaty pomocí magnetické rezonance. Cíle práce byly: 1. Vytvoření informačního textu obsahujícího anatomický a funkční popis prostaty, podstatu magnetické rezonance a její využití u vyšetření prostaty a deskripci navigované biopsie prostaty. 2. Stanovení statistické úspěšnosti navigované biopsie prostaty spomocí magnetické rezonance. Byly stanoveny následující hypotézy: H1: Pokud dojde k nekorespondenci prvotních výsledků laboratorních a histologických ohledně karcinomu prostaty, je u většiny pacientů indikováno bioptické vyšetření prostaty s použitím magnetické rezonance. H2: U více než 80 % pacientů je potvrzen karcinom prostaty po odebrání histologických vzorků s využitím magnetické rezonance. Došlo k sestavení informačního textu, který obsahuje základy principu magnetické rezonance a diagnostiky karcinomu prostaty společně s MR navigovanou biopsií prostaty - byl tedy splněn cíl číslo 1. Cíl číslo 2 byl taktéž splněn, jelikož byl statisticky určen poměr pozitivních a negativních výsledku navigované biopsie. Tento poměr byl 73% pozitivních a 27% negativních nálezů. Je nutné tedy zamítnout hypotézu H2. Hypotézu H1 můžeme přijmout dle informací od MUDr. Černého, který tyto biopsie provádí v Nemocnici České Budějovice a.s.
|
|
|
Sestřihové varianty genu GCPII a jejich role v nádorovém bujení
Jindrová, Helena ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Liberda, Jiří (oponent)
Alternativním sestřihem mRNA může vznikat z jediného eukaryotického genu několik různých proteinů s odlišnou sekvencí aminokyselin, strukturou, a tedy i funkcí. Tento jev je složitě regulován. Může hrát významnou roli v nádorovém bujení. Například u alternativního sestřihu osteopontinu byl prokázán jeho vliv na metastazování a progresi nádoru prsu. Glutamátkarboxypeptidasa II (též prostatický specifický membránový antigen) se vyskytuje ve zvýšeném množství ve zdravé i nádorové prostatické tkáni. Je známo několik jejích sestřihových variant. U některých z nich byla zkoumána souvislost mezi jejich přítomností a postupem karcinomu prostaty v pacientech pomocí kvantitativního RT-PCR. O expresi dalších sestřihových variant nejsou zatím k disposici žádné přesnější údaje. Mezi ně patří varianty s vynechaným exonem 6 anebo exonem 18. Cílem této práce bylo určit množství právě těchto delecí v několika biologických vzorcích. Za pomoci kvantitativní polymerasové řetězové reakce bylo stanoveno množství delecí exonu 6 a exonu 18 v cDNA kódující prostatický specifický membránový antigen ze vzorků tkání pacientů s benigní prostatickou hyperplazií, nádorem prostaty a z buněčné linie odvozené od karcinomu prostaty. Zároveň bylo stanoveno množství delecí v jednotlivých sestřihových variantách tohoto proteinu, které...
|
|
|
Deriváty protilátek využitelné k detekci lidské glutamátkarboxypeptidasy II
Bělousová, Nikola ; Bařinka, Cyril (vedoucí práce) ; Pavlíček, Jiří (oponent)
Rakovina prostaty je jedním z nejzávažnějších rakovinných onemocnění na světě, a proto je velmi důležitý vývoj vhodných diagnostických a terapeutických postupů. Glutamátkarboxypeptidasa II (GCPII) je v současné době posuzována jako jeden z nejzajímavějších markerů rakoviny prostaty díky své tkáňově specifické expresi. Zatímco ve zdravé tkáni prostaty se vyskytuje mizivé množství tohoto proteinu, spolu se vznikem nádoru se výrazně zvyšuje produkce GCPII v transformovaných buňkách. Množství GCPII v rakovinné tkáni dále stoupá spolu se vzrůstající invazivitou nádoru, proto je GCPII vhodný marker pro časná i pokročilá metastazující stadia rakoviny prostaty. Současný výzkum se zaobírá vývojem látek dostatečně citlivých a specifických pro detekci malého množství GCPII, například v počátečních stadiích rakoviny. Deriváty protilátek se ukazují jako molekuly vhodné pro tento účel, neboť vykazují vysokou afinitu a specificitu a minimální nežádoucí vedlejší účinky. Proteinové inženýrství umožňuje přípravu celé řady protilátkových molekul lišících se svou velikostí, vazebnými vlastnostmi, stabilitou a rozpustností a způsobem produkce. Odlišné deriváty jsou vyvíjeny pro účely diagnostické a terapeutické a pro zobrazovací techniky, pro které jsou vhodné molekuly o střední až malé velikosti. Jedním typem těchto...
|
|
|
Charakterizace vedlejší populace buněčné linie TRAMP-C2, myšího modelu karcinomu prostaty"
Žlabová, Anna ; Reiniš, Milan (vedoucí práce) ; Šmahel, Michal (oponent)
Vedlejší populace (side population, SP) je minoritní subpopulace některých buněčných linií, která ze své cytoplasmy exportuje Hoechst 33342. U nádorů je diskutována jako možný zdroj "nádorových kmenových buněk", "tumor zakládajících buněk" či "metastázy zakládajících buněk". Povšechná literatura však zjevně svědčí pro to, že kmenovost či další privilegované vlastnosti buněk SP jsou značně individuální pro různé buněčné typy, buněčné linie a stadia onemocnění. Pro testování terapie karcinomu prostaty jsou linie TRAMP jediné široce dostupné myší modely. V literatuře jsme zaznamenali zmínku o existenci 1-2% buněk tvořících vedlejší populaci TRAMP-C2, avšak detailní charakteristika této vedlejší populace dosud popsána nebyla. V rámci diplomové práce jsme pracovali na charakterizaci SP buněčné linie TRAMP-C2, kterou jsme srovnávali s populací ostatních buněk (nonSP). V první části práce jsme porovnávali SP a nonSP z hlediska kmenových vlastností. Nejdříve jsme ověřili existenci SP potvrzením její senzitivity k verapamilu. Vyšetřením mRNA jsme prokázali, že SP ani nonSP nemají zvýšenou expresi c-Kit a neliší se v expresi Bmi-1. Dále jsme zjistili, že je SP heterogenní směsí CD24-CD44-, CD24-CD44+ a CD24+CD44+ buněk, zatímco nonSP je téměř výhradně CD24-CD44+. Po vysortování buněk jsme vysledovali, že se...
|
|
| |
host ::
RSS.